水雷射應用在牙周病治療時，透過雷射的極細光纖，能深入到傳統清潔刮刀無法觸及的牙周囊袋或牙根處，深層清除牙結石。此外，水雷射噴出的溫和水霧還能用來控制溫度，讓牙周保持在相對低溫狀態。既保留了雷射治療的精準、殺菌效果，也避免治療時因為過熱而傷害牙齦的問題。